Les épiphytes sont des organismes sensibles. Nombre d'épiphytes sont menacés par la pollution de l’air, par les pesticides ou pollutions acides, et plus directement encore par les destructions d’habitat comme les coupes rases ou des éclaircies trop « dures », par le rajeunissement excessif des forêts. La raréfaction des arbres âgés  est à la source de la régression de nombreuses espèces d’épiphytes. La fragmentation forestière, mais aussi le dérèglement climatique sont d'autres facteurs de menace et en particulier quand ils contribuent à assécher le microclimat forestier.